ミトコンドリア・シミュレータ その3

by たけ(tk)

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 「平均12000年」の意味。  ミトコンドリア遺伝子が変異するのは「平均12000年」である、とか、 変異が一つであれば「平均12000年」前に分岐した、とか言われます。こ の「平均12000年」というのはどういう意味なのでしょうか?。  「ミトコンドリア・シミュレータ その2(新)」で作成した系統樹をも う一度見てみましょう。 》 (3)「遺伝的距離」は「分岐時期」を推定する根拠とはならない。 》 》 集団Aの次の部分を見てください。「I」と「X」との間の遺伝的距離は 》2なのです。この遺伝的距離から分岐時期を推定すると、どれくらい前に分 》岐したと推定するでしょうか?。しかし、それが分岐したのは実際には4世 》代前でしかないのです。 と述べましたが、遺伝的距離から分岐時期を推定する、というのはどういう ことでしょうか?。 【集団Aの系統樹】 00 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 (44)┌V★─[55] │ (80)┌M○─[85] │ │ (85)┌R◎─────●8 R │ (67)┌┴Y○─┴─◎─────●5 Y │ (79)│┌L○─[85] │ ││ (87)┌U◎─[95] │ ││ (89)├W◎─[95] │ (57)┌─K─┴┴─○─┴─◎─────●2 K (36)┌M┴─★─┴──[65] │42┌S★───────[75] │ │ (78)┌J○─[85] │ │ │ (100)┌I●1 I │ │ │ (97)┌F┴─●3 F │ │ │ (90)┌X◎─┴───●1 X (18)┌─T───┴─┴─★──────┴─○─┴─◎─[95] │ (38)┌─O──★─[55] │(29)┌F┴[39] │ │ (49)┌B★─[55] │ │(33)┌J┴─★─[55] A────┴──┴──┴───★─[55] 00 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100  現存するクラスタ同士で、分岐時期からの世代数(101-分岐時期)と遺伝 的距離からその2者間での変異速度を出してみます。 分岐 / 距離 = 速度 R Y 16 / 1.0 = 16.0 R K 34 / 2.0 = 17.0 R I 65 / 7.0 = 9.285714286 R F 65 / 6.0 = 10.83333333 R X 65 / 5.0 = 13.0 Y K 34 / 1.0 = 34.0 Y I 65 / 6.0 = 10.83333333 Y F 65 / 5.0 = 13.0 Y X 65 / 4.0 = 16.25 K I 65 / 5.0 = 13.0 K F 65 / 4.0 = 16.25 K X 65 / 3.0 = 21.66666667 I F 1 / 1.0 = 1.0 I X 4 / 2.0 = 2.0 F X 4 / 1.0 = 4.0  これを単純に平均すると、遺伝子一個の変異に必要な世代数は平均して 13世代弱(12.79)ということになります。 (16+34+65+65+65+34+65+65+65+65+65+65+1+4+4)/(1+2+7+6+5+1+6+5+4+5+4+3+1+2+1.0)=12.79245283  しかし、分岐時期の推定で有意なのは「最も遺伝的距離が遠いもの」です。 有意なものを抽出すると次の通りです。ここから1遺伝的距離の分岐期間を 計算すると9世代弱(8.86)になりました。 (65+34+4+16+4+1)/(7+2+2+1+1+1.0)=8.857142857 分岐 / 距離 = 速度 距離 * 平均 = 推定分岐時期 R I 65 / 7.0 = 9.285714286 7.0 * 8.86 = 62.02 R K 34 / 2.0 = 17.0 2.0 * 8.86 = 17.72 I X 4 / 2.0 = 2.0 2.0 * 8.86 = 17.72 R Y 16 / 1.0 = 16.0 1.0 * 8.86 = 8.86 F X 4 / 1.0 = 4.0 1.0 * 8.86 = 8.86 I F 1 / 1.0 = 1.0 1.0 * 8.86 = 8.86        ↑実際の分岐時期       推定の分岐時期↑  「平均」というのはこんなものです。平均すれば9世代弱だが、実際には バラツキ(偏差)があるので何とも言えない。遺伝的距離が1だから平均9 世代弱に分岐したはずだ、といっても、「I」と「F」ではそれが生じたの は実際には1世代前だし、「R」と「Y」では実際には16世代前だったの だ。 遺伝的距離が2だから平均18世代弱前に分岐したはずだ、とはいっても、 「I」と「X」ではそれが生じたのは実際には4世代前だし、「R」と「K」 では実際には34世代前だった。「平均」の分岐時期が分かっても「実際」 の分岐時期を推定することはできない、というのが正しい理解というべきだ ろう。  ここら辺は、「統計」の「平均」とか「偏差」がわかっていればどうとい うことがないことなのだが、それが分かっていないと、とんでもない誤解を してしまう可能性があるので要注意です。  次の「ミトコンドリア・シミュレータ その4」ではこの部分をもう少し 詳細に検討してみます。
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